قصه «خوب بد جلف 2: ارتش سری» با جمع شدن یک گروه سینمایی در کنار هم برای ساخت یک فیلم آغاز می‌شود. قرار معارفه گروه در رستوران گذاشته شده و سام و پژمان پس از مدت‌ها یکدیگر را می‌بینند و همان مجادلات کلامی همیشگی را در لحظات اول آغاز می‌کنند. قرار است کارگردانی که از آمریکا آمده، فیلمی درباره حضور نازی‌ها در ایران در دوران جنگ جهانی دوم بسازد. اما مخاطب خیلی زود متوجه می‌شود که ماجرا چیز دیگری است و آن‌ها در واقع مامورین سی‌آی‌ای هستند که برای انجام یک عملیات خرابکارانه در پوشش یک گروه فیلمسازی وارد ایران شده‌اند.
«خوب بد جلف 2: ارتش سری» به شکلی غافل‌گیرکننده آغاز می‌شود؛ سکانس ابتدایی فیلم بیش از آنکه به سکانس آغازین یک فیلم بلند سینمایی شبیه باشد، به آگهی تبلیغاتی برندی تجاری شباهت دارد؛ به نحوی که احساس می‌کنید فیلم هنوز شروع نشده و شما در حال تماشای بخشی از آگهی تبلیغاتی پیش از شروع فیلم هستید! در ادامه یکی از بازیگران زن فیلم را در حالیکه بالای سرش برند تجاری یک شرکت آرایشی بهداشتی نصب شده است، در کسوت ویزیتور آن شرکت مشاهده می‌کنید و پس از حس گیجی گنگ و مبهمی که روی صندلی پیدا کرده‌اید، تازه دوزاریتان می‌افتد که نماهای تبلیغاتی‌ای که تا آن لحظه در فیلم دیده‌اید، بخشی از «خوب بد جلف 2: ارتش سری» بوده و فیلم با همان نماها آغاز شده است!
فیلم اگرچه همچنان متضمن پاره‌ای از شوخی‌های جنسی و میانمایه کلامی است، اما در مقایسه با بسیاری از آثار سینمایی متعلق به ژانر کمدی در سینمای ایران وضعیت مناسب و تحمل‌پذیرتری دارد؛ اساساً قاسم‌خانی از معدود کارگردانان کمدی‌ساز ایرانی است که برای خلق فضای کمدی در آثار خود بیش از آنکه بر عناصری چون لودگی و سخافت متکی باشد، بر خلق موقعیت‌های کمیک یا سیتکام تمرکز می‌کند و همین خصیصه، محصول کار او را از دایره آثار شانه تخمه مرغی سینمای ایران خارج کرده و قاسم‌خانی را دست کم چند پله بالاتر از سایر رقبا قرار می‌دهد.
قاسم‌خانی در ادامه به درستی برخی مناسبات غلط مرسوم و رایج در سینمای ایران را با نگاه انتقادی و چاشنی طنز مورد تعریض قرار می‌دهد؛ چگونگی تولید انبوه فیلمهای سینمایی آبدوغ‌خیاری در شمال ایران، فیلمبرداری در لوکیشن‌های خارج از کشور و استفاده از زنان بی‌حجاب برای جذب مخاطب و... ازجمله مواردی هستند که جملگی در «خوب بد جلف 2: ارتش سری» مورد نقد طنازانه قاسم‌خانی قرار می‌گیرند.
قاسم‌خانی در ادامه نوک پیکان انتقادات خود را متوجه برخی روندهای مرسوم در سطح کلان مدیریتی سینمای ایران می‌کند و در این راستا سوءاستفاده برخی فیلمسازان از «بند پ» را نیز به چالش می‌کشد. با این وجود، ازجمله ابتکارات جالب توجه او در کسوت فیلمنامه‌نویس و کارگردان «خوب بد جلف 2: ارتش سری»، هنگامی است که شوخی با ترامپ و تمسخر کاراکتر او را دستمایه کار خود قرار می‌دهد و با ظرافتی طنازانه به نمایش شمه‌ای از حماقت‌های رییس جمهور آمریکا می‌پردازد.
اما فارغ از نقد فنی و محتوایی فیلم، نکته جالب توجه درباره نمایش «خوب بد جلف 2: ارتش سری» در سینمای رسانه‌ها این بود که فیلم در نقش یک نفسکش، جو تلخ و سنگین حاکم بر فضای پردیس ملت را که در پرتو اکران انبوه فیلمهای تلخ اجتماعی رقم خورده بود تعدیل کرد و باعث شد اهالی رسانه به اندازه یک سانس هم که شده با ندیدن فیلمهای اجتماعی تلخ جشنواره سی و هشتم نفسی تازه کنند.
